Teratermの設定ファイルには、悩まされた。
以前からTera Term Pro コマンドラインで、
"C:￥Program Files (x86)￥teraterm￥ttermpro.exe" /F=C:￥teraterm￥Teratest.iniなどと記述して、C:￥teraterm￥Teratest.iniを読み込ませ接続先を切り替えていたのだが、設定を変えたあとに設定保存をしても、その変更がTeratest.iniに反映されなかったからだ。
やむをえず、Teratest.iniの該当箇所をエディタで修正していた。
特に問題だったのが、688行あたりSSHポート転送（ポートフォワード）の部分、設定保存による.iniファイルの書き換えが行われず、その都度修正していた。
[TTSSH]
; SSH enabled flag (1=enabled 0=disabled)
Enabled=1
; default login username (setup to authentication dialog)
DefaultUserName=tako
DefaultForwarding=L****:***.***.***.***:5901
原因
Vista以降のOSはユーザアカウント制御(UAC)が機能していて、Tera Termを管理者以外で実行すると、Virtual Storeなる機能が有効となるそうで、
Tera Termが「%ProgramFiles(x86)%￥teraterm」で読み書きしたファイル（teraterm.ini等）は、実際は「%LOCALAPPDATA%￥VirtualStore￥Program Files (x86)￥teraterm」にリダイレクトされていて、いくら設定を保存しても違うフォルダのファイルを上書きしているだけでは、再度立ち上げると、古い設定ファイルのままで起動するのは当たり前のこと。
管理者権限で立ち上げれば良いそうだが、それはそれで面倒で、やはりエディタでの書き換えがもっとも簡単かも。
これについては、この「Teratermのマニュアル」に詳しく書いてある。